El cardenal Juan Francisco Fresno relató que el día del golpe de Estado de 1973 se encontraba en Roma, y estaba almorzando en el convento de las monjas de Santa Marta, cuando la televisión italiana informó de lo que acontecía en Chile. Un rato después recibió un llamado de la Secretaría de Estado del Vaticano, cuyo mensaje era que el Papa quería verlo. Trató de recibir información de la embajada, pero no sabía del embajador René Rojas Galdames. (Pésimo informante, ese mismo día se dio vuelta la chaqueta, continuando en la diplomacia y hasta fue ministro de Relaciones Exteriores del Régimen Militar).El Papa Pablo VI lo esperaba muy preocupado. Tenía un sentido político bastante fuerte, y veía con horror que se pudiera cortar drásticamente toda vía democrática con un golpe de los militares. En ese momento indica que en ese mismo momento se realizaría un acta de excomunión a los militares que se han metido en esto. Pero el cardenal chileno refutó que el Santo Padre no tenía noticia de la Nunciatura, entonces como podía realizar una excomunión si en Chile tenía un nuncio, monseñor Sotero Sanz, argumentando que además entre los militares hay gente católica, otra que no lo es.
Pero el Papa señalaba que “Pero esto no puede ser. Esto ha sido tremendo, no puede suceder. El caso de Chile va a tener una influencia inmensa en las otras democracias de América” respondía perturbado. Fresno alegaba que debía informarse antes de dar ese paso a pesar que de que el Santo Padre no podía contactarse con el Nuncio Apostólico, pero de todas maneras insistía con la excomunión.
Hasta que el entonces Arzobispo de La Serena contestó “Santo Padre, usted no me respeta a mí. Yo soy chileno, soy un arzobispo allá y tengo responsabilidades sobre muchos fieles. Respéteme a mí, Santo Padre” hablándole duro y luego el Santo Padre dijo: “Bueno, por ahora no lo voy hacer”, y no lo hizo.
Ni siquiera el propio Pinochet, supo jamás que Fresno había sujetado esa excomunión.
